Hoy tuve que activar el módulo userdir en el servidor que corre ubuntu 10.04, para esto ejecute el siguiente código.

sudo a2enmod userdir
sudo /etc/init.d/apache2 restart

Luego cuando intente ingresar a http://servidor/~usuario el servidor me enviada el archivo index.php con el código fuente, es decir no estaba interpretando los archivos .php, pero si revisaba algún sitio existente en el /var/ww/ todo funcionaba bien. Buscando en google encontré la solución. Simplemente debía editar el archivo /etc/apache2/mods-enabled/php5.conf y comentar las linea que tenía lo siguiente php_admin_value engine Off. Ahora mi archivo está de la siguiente manera.

SetHandler application/x-httpd-php
SetHandler application/x-httpd-php-source
# To re-enable php in user directories comment the following lines
# (from  to .) Do NOT set it to On as it
# prevents .htaccess files from disabling it.
#        php_admin_value engine Off

Espero que a alguien le sirva este consejo.